Tuttavia il successo di Sax pareva non poter durare a lungo: nel 1848 il re venne destituito e si ebbe la proclamazione della Repubblica. L'attività di Adolphe dipendeva dagli Orléans e quindi l’inventore fu uno dei primi a patirne le conseguenze. Carafa, d'altro lato, annoverava numerose amicizie fra i repubblicani e non rinunciò a vendicarsi facendo abrogare il decreto dell'agosto del 1845, con la conseguenza dell'esclusione degli strumenti di Sax dal Gymnase e dall’organico della Garde Impériale.
Ma un nuovo avvenimento storico stava per cambiare nuovamente le sorti di Sax: il 2 dicembre 1851 ci fu il colpo di Stato che portò all'avvento del Secondo Impero, con Napoleone III. Sax, mettendosi in contatto con l’aiutante di campo di Napoleone, il colonnello Fleury, ottenne il compito di riorganizzare la sezione musicale del Reggimento delle Guide. Alla prima esecuzione pubblica, il 30 dicembre 1852, il successo fu davvero notevole. Il saxofono fu nuovamente incluso nell'organico della Garde Impériale e Napoleone III, con la delibera dell'8 aprile 1854, conferì a Sax il titolo di «Facteur d'instruments de musique de la Maison militaire de l'Empereur». L'imperatore decise anche, nel 1856, di chiudere il Gymnase, inserendo all’interno del Conservatorio le classi degli studenti militari in data 7 giugno 1857: a Sax venne finalmente affidata la classe di saxofono.
La Francia si trovò ben presto a dover far fronte a nuove spese a causa della Seconda guerra d'indipendenza: l'annessione di Nizza e della Savoia costarono molto alle casse dell’impero. Con il decreto del 26 marzo 1860 si decise così la riduzione dell'organico all'interno delle formazioni musicali militari, cosa che, ovviamente, causò una riduzione della produzione degli strumenti di Sax; ben peggiore fu poi l’eliminazione, da tutti i reggimenti di cavalleria, delle bande militari, decretata il 12 agosto 1867.
Seguì la guerra franco-prussiana, che sicuramente distolse l'attenzione dai problemi musicali dell'esercito tanto che le classi per allievi militari interne al Conservatorio vennero chiuse. La prima e unica classe di saxofono scomparve, e si dovranno attendere ben 72 anni prima che compaia la prima classe dedicata a questo strumento nel secolo XX, presso il Conservatorio di Parigi, grazie all'immensa personalità di Marcel Mule, nel 1942.
Negli ultimi anni del XIX secolo, l'uso dello strumento si diffuse considerevolmente negli Stati Uniti con il successo del music-hall, l'uso delle orchestre del vaudeville e di musica leggera, l'uso delle riviste, dei caffè-concerto e delle navi. In America il saxofono venne fin da subito molto apprezzato dagli amatori. Vi fu in particolare un grande sassofonista, Rudy Wiedoeft, che si guadagnò un’ottima reputazione grazie alla sua vivacità interpretativa e alla rapidità del suo staccato.
Sempre negli stessi anni, il saxofono divenne lo strumento principe e il simbolo di un nuovo genere musicale che stava nascendo in quel periodo: il Jazz. Grazie a questo genere, grandi artisti come Sydnet Bechet, Frankie Trumbauer, Jimmy Dorsey, Coleman Hawkins, Frank Teschemacher, Bud Freeman, Johnny Hodges portarono lo strumento a una popolarità universale. Probabilmente proprio grazie alla musica jazz il sassofono ha ricevuto la consacrazione che lo ha reso lo strumento a fiato più diffuso; ciò grazie anche al suo grande utilizzo all’interno delle big-bands americane e ai mass-media.
